表皮囊肿起源于异位胚胎残留组织的外胚层组织，是次级脑细胞形成时将表皮带入晚期胚胎的结果。
一、表皮囊肿的成因
1954年，Choremis等人注意到腰椎穿刺后发生表皮样囊肿，从而支持了创伤原因的理论。1961年，Blockey和Schorstein回顾了8名儿童患者的资料，其中大多数是在鞘内注射治疗结核性脑膜炎后发病的。肿瘤可以是多种的，大小从几毫米到几厘米不等。囊肿缺乏血管。实验中，将皮肤碎片直接注射到小鼠的脊髓和前额，反复产生同一个囊肿。
二、表皮囊肿的发病机制
大多数囊肿是单发的，但也有多发的。偶尔皮样囊肿与先天性畸形或异常并存，如耳后藏毛窦和脊柱裂。颅内表皮样囊肿可位于硬脑膜外、硬脑膜下、蛛网膜下腔、脑实质和脑室等。颅内表皮样囊肿按其来源分，多发生于桥小脑角、鞍区、大脑半球、脑室、四分体区、小脑等。，其中约25%可发生于颅骨板屏障或脊柱。因为这个囊肿的生物学特性，它不局限于一个地方。常从起始位置突入相邻的池、裂，甚至深入脑实质，沿神经纤维素生长。所以有时候可以从后颅窝到前颅窝广泛生长。
组织学上，表皮样囊肿的具体形态为圆形、结节状或椭圆形肿块，颜色为白色，有珍珠光泽。包膜完整，有钙化，表面光滑。其囊壁薄而半透明，边界清晰，血供不丰富。它们大小不一。胶囊内容物为奶酪样物质，微油腻，由脱落细胞堆积而成。由于含有大量胆固醇晶体，内容物呈现出特殊的光泽，透过薄而透明的囊壁，肿瘤呈现出特殊的外观。肿瘤与邻近脑组织的界限清晰，但由于其囊壁很薄，往往延伸到各个角落和脑池，深层的囊壁往往会附着在一些较大的血管和神经上或包裹在肿瘤周围，导致肿瘤难以完全切除。
显微镜下可见，肿瘤壁由两层组织构成，外层为一薄层纤维结缔组织，内层为复层鳞状上皮，上层面向囊腔，表面有许多角质形成细胞，不断脱落形成囊腔内容物，肿瘤不断增大。邻近肿瘤的蛛网膜组织纤维化、透明，有时可见异位巨噬细胞、淋巴细胞和组织细胞的浸润。胶囊内容物具有组织毒性，溢出到蛛网膜下腔可引起肉芽样炎症。邻近包膜的脑组织可能有胶质增生。
表皮囊肿偶有恶变，呈浸润性生长，有时变为鳞状上皮癌，部分可广泛播散，随脑脊液转移。显微镜下，我们可以看到多形性细胞核的多边赘生物，周围有坏死细胞群、稀疏的基质细胞和细胞质纤维。在电子显微镜下，可以看到植物的细胞核形状和大小不一，有不规则的核膜。细胞质通常包含电子致密的丝状束，偶尔嵌入桥粒中。这些桥粒连接是大量明显的浆膜皱襞，偶尔呈束状出现。
